Как обратил внимание «СуперОмск», записью в ЕГРЮЛ от 8 июля 2025 году Ассоциация – некоммерческое партнерство «Футбольный клуб «Иртыш» получила статус недействующего юрлица. Сама организация создана в 2006 году и работала под крылом мэрии Омска. Совладельцами выступали департамент по делам молодежи и три физлица, чьи имена в выписке не обнаружены. По документам в статусе президента здесь до сих пор числится Сергей Новиков.
В 2016 году создана автономная некоммерческая организация «Футбольный клуб «Иртыш». В этом случае без физлиц в учредителях. Единоличным совладельем выступила мэрия Омска. По всей видимости, футболисты и персонал команды перешли на работу в новое АНО «ФК «Иртыш», а прежнее АНП «ФК «Иртыш» осталась лишь юрлицом, а теперь и вовсе закралось.
В 2021 году в списке учредителей АНО «ФК«Иртыш» к мэрии Омска присоединилось Минспорта Омской области. Президентом клуба с 2024 года является Дмитрий Сычев. Согласно публичном отчету, расходы клуба в прошлом году составили порядка 98,6 млн рублей.